가. 구분계산

양도소득금액(차익, 차손)은 양도자산을 먼저‘국내자산’과 국외자산’으로 구분하고, 이를 다시 ‘주식’과 ‘주식 外 자산’으로 구분하여 4가지 종류 자산별로 통산하여 계산한다.

나. 양도차익

양도차익은 양도가액에서 필요경비(취득가액과 기타 필요경비)를 공제하여 계산하며, 2007년 1월 1일 이후 양도 분부터는 실지거래가액(양도자와 양수자가 실제로 주고받은 금액, 다만 불분명한 경우 등은 매매사례가액, 감정액)으로 양도차익을 계산해야 한다.

양도가액은 실지거래가액(다만, 불분명한 경우 등은 매매사례가액, 감정가액)으로 계산하며, 취득가액도 원칙적으로는 실지거래가액으로 해야 하나 취득 시의 실지거래 가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액·감정가액·환산취득가액을 순차적으로 적용한다. 여기서 매매사례가액이란 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액을 말하며, 다만, 주권상장법인의 주식은 매매사례가액을 적용할 수 없다. 한편, 감정가액이란 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산에 대하여 2이상 의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정 평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한함)이 있는 경우 그 감정가액의 평균액을 말하며, 다만, 주식은 감정가액을 적용할 수 없다.

양도차익 계산 시 양도가액에서 공제하는 취득가액과 기타필요경비는 취득가액 을 어떻게 계산하는가에 따라 다음과 같이 각각 다르다.

다. 양도소득금액

양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하면 양도소득금액이 된다. 장기보유 특별공제액은 양도차익에 양도자산의 보유기간별 공제율(최고 30% 또는 80%)을 곱하여 계산하며, 원칙적으로 3년 이상 보유한 등기된 부동산에 대하여만 적용한다.

3년 미만 보유한 부동산, 미등기 양도자산, 비사업용 토지, 국외 소재 부동산은 장기보유특별공제 규정을 적용하지 않는다.

1세대 2주택 이상으로서 중과대상인 주택의 경우 2011년까지는 장기보유특별 공제를 적용하지 않았으나, 2012.1.1. 양도분부터는 장기보유특별공제를 적용하도록 소득세법이 개정되었다.

장기보유특별공제율(아래 표 참조)은 일반부동산에 대한 것과, 과세대상인 1세대의 1주택에 대한 것이 있다. 비거주자의 경우에는 비록 양도일 현재 국내에 1주택만을 보유하더라도 1세대의 1주택에 대한 공제율(최고 80% )을 적용하지 않고, 일반부동산에 대한 공제율(최고 30%)을 적용한다(2010.1.1. 이후 양도분부터 적용).

한편, 2009.12.31. 이전 양도분에 대해서 종전에는 비거주자에게는 1세대의 1주택 에 대한 공제율(최고 80%) 적용하지 않았으나, 예규 변경에 따라 비거주자도 거주자와 동일한 공제율을 적용받을 수 있게 되었다(기획재정부 국제조세제도과-572, 2012.12.26.).

라. 과세표준 및 세액의 계산

양도소득 과세표준은 양도소득금액에서 양도소득기본공제를 공제하여 계산한다. 양도소득기본공제는 거주자별로 당해 연도의 양도소득을 먼저 ‘국내자산’과 ‘국외 자산’으로 구분하고, 이를 다시 ‘주식’과 ‘주식 外 자산’으로 구분하여 각각 연간 250만원씩을 공제하므로 거주자는 연간 최고 1,000만원을, 비거주자는 연간 최고

500만원(비거주자는 국내소재 자산에 대하여만 과세되므로)까지 공제가 가능하다. 양도소득세 산출세액은 양도소득세 과세표준에 세율을 곱하여 계산한다. 양도소득세 계산시 적용하는 세율은 다음과 같다.

< 2014.1.1.이후 양도분 >

<자산별 세율체계>

* 중소기업 대주주의 경우 ’16.1.1.이후 양도분부터 적용됨.

<참고> ① 2주택 이상의 다주택자에 대한 양도세 중과를 폐지하여 누진세율로 과세하되, 지정지역내 3주택이상자가 양도하는 경우에는 누진세율(6～38%)에 10%를 가산하여 과세한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 1년미만인 경우에는 누진세율(6～38%)에 10%를 가산한 세율과 소득세법 제104조 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 큰 세액을 적용한다. 또한, 세율이 다른 둘 이상의 자산을 양도하는 경우 해당 과세기간의 양도소득과세표준 합계액에 기본세율을 적용하여 계산한 양도소득세 산출세액과 세율이 동일한 자산별로 계산한 양도 소득세 산출세액의 합계액 중 큰 것으로 한다(소법§104, 2015.1.1. 양도분부터 개정)

② 비사업용토지 또는 비사업용토지를 과다보유한 법인의 주식(소법 §104① 제8호 및 제9호)은 2015년말까지는 6～38%의 세율을 적용하고(지정지역은 10%p 추가과세하고, 2년미만 보유의 경우 단기중과세율 적용), 2016년부터 모든지역에 동일하게 누진세율에 10%p를 가산하여 적용한다.(소법§104①제8호 및 제9호, 법 부칙 제20조, 2015.1.1.양도분부터 개정)

※ 누진세율

※ 주식 양도시 적용 세율

* 주1) 대주주

- 유가증권시장 상장주식：지분율 1% 또는 시가총액 25억원 이상

- 코스닥시장 상장주식：지분율 2% 또는 시가총액 20억원 이상

- 코넥스시장 상장주식：지분율 4% 또는 시가총액 10억원 이상

* 주2) 중소기업의 판정

2012.2.2.이후 양도분부터 중소기업 여부를 양도일 기준으로 판단하여 양도일 현재 기업의 실질을 정확히 반영하였다. 2012.2.1.이전에는 중소기업의 판정을 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 ｢중소기업기본법｣ 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업으로 판정하여 오다가 2012.2.2.이후 양도 하는 분부터는 양도일 현재 ｢중소기업기본법｣에 따른 중소기업으로 판정하게 되었다.

< 2013.12.31. 까지 양도분 >

참고1) 1세대 2주택 이상

* 1세대 3주택 : ’04.1.1.~’08.12.31.

* 주택과 조합원입주권의 합이 3이상인 경우의 그 주택 : ’06.1.1.~’08.12.31.

* 1세대 2주택 : ’07.1.1.~’08.12.31.

* 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우 그 주택 : ’07.1.1.~’08.12.31.

* 1 : ’09.3.16.~’12.5.14. 양도분 중 3주택 이상을 보유하는 경우로서 강남․서초․송파구에 소재하는 주택

* 2 : 40% → 2이상의 세율에 해당하는 때에는 가장 높은 세액을 적용(누진세율+10%와 40% 비례 세율의 경합시 세액이 높은 것을 적용)

* 지정지역 : ’12.5.15. 이후 주택 지정지역 없음