나. 원천징수

원천징수의무자는 비거주자에게 양도가액을 지급하는 내국법인 또는 외국법인 (매매대금의 지급자인 취득자)이다. 다만, 양도시기 전에 양도소득과세표준 예정신 고·납부를 하였다는 납세지 관할세무서장이 교부한 확인서를 제출받거나, 부동산 등의 양도소득이 비과세·과세미달에 해당되는 경우에는 양수자의 원천징수의무가 면제된다. 이 때 양도자인 비거주자가 비과세 또는 과세미달로 신고하고「비과세 등 확인서」를 발급받기 위해서는 다음과 갈은 절차에 따른다.

< 비과세 등 확인서 발급절차 흐름도 >

다만, 2011.1.1.이후 양도분부터 국내에 있는 자산을 민사집행법에 따른 경매 또는 국세징수법에 따른 공매의 방법으로 양도함으로써 국내원천소득이 발생하는 경우 에는 해당 경매대금을 배당하거나 공매대금을 배분하는 자가 해당 비거주자에게 실제로 지급하는 금액의 범위에서 원천징수를 하여야 한다.

원천징수의무자는 양도가액(지급액)의 10% 를 원천징수하여 다음달 10일까지 납부해야 한다. 다만, 당해 자산 양도자의 취득가액 및 양도비용이 확인되는 경우 에는 양도가액의 10%와 양도차익의 20% 중 적은 금액을 원천징수한다. 양수자가 원천징수세액을 기간 내에 납부하지 아니하거나 미달하여 납부한 때에는 그 미납 부세액 또는 미달세액의 10% 를 가산세로 가산하여 납세지 관할세무서장이 원천 징수의무자(양수자)에게  부과·징수한다.

한편, 원천징수세액을 계산할 때, 비거주자인 양도자가 거주자와 동일한 방법으로 양도소득세를 신고·납부한 후에 양수자가 원천징수하는 경우에는 해당 비거주자인 양도자가 신고·납부한 세액을 뺀 금액을 원천징수한다.

다. 비거주자의 양도소득세 신고납부

양도자(비거주자)는 거주자와 동일한 방식으로 양도소득세를 예정(확정)신고·납부 하여야 하며, 당해 양수자에게 지급한 원천징수세액이 있는 경우에는 예정(확정) 신고시 기납부세액으로 공제하여 예정(확정)신고 세액을 계산한다