장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 등기된 부동산을 양도하는 경우 및 조합원입주권을 양도하는 경우에 적용받을 수 있다. 이 경우 조합원입주권은 「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획인가전 주택분의 양도차익에 대해서 만 장기보유특별공제를 적용한다.

장기보유특별공제액은 자산의 보유기간에 따라 양도차익의 10%~30%(1세대 1주택인 경우  24%~80%)를 공제한다.

다만, 2010년 이후 양도분부터 비거주자는 소득세법 제121조제2항에 따라 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율(24%~80%)을 적용하지 않고 10%~30%공제율만을 적용한다. 그러나 비거주자가 3년이상 보유한 주택에 거주한 상태로 거주자로 전환되 어 1세대 1주택을 양도하는 경우에는 특례 공제율(24%~80%)을 적용받을 수 있다. 이 경우 보유기간은 취득일부터 양도일까지로 한다(비거주자일 때 보유한 기간도 포함함)

한편, 2009.12.31. 이전 양도분에 대해서 종전에는 비거주자에게는 1세대의 1주택 에 대한 공제율(최고 80%)을 적용하지 않았으나, 예규 변경에 따라 비거주자도 거주자와 동일한 공제율을 적용받을 수 있는 길이 열리게 되었다(기획재정부 국제 조세제도과-572, 2012.12.26.).

이에 따라 비거주자가 2009년말 이전에 한국 내에 1주택만을 보유하다 양도하고 일반 공제율(10%~30%)을 적용받은 경우로서 불복청구 중인 경우와 경정청구 기한 이 경과하지 않은 2009년 양도분의 경우(2009년 양도분의 경우 경정청구기한은 2015년 5월 31일까지임)경정청구를 신청하면 1세대 1주택에 대한 장기보유특별 공제율(24%~80%)을 적용받을 수 있다.

※ 2015.1.1.이후 경정청구하는 분부터 경정청구기간을 3년에서 5년으로 연장